طبیعی است که هر حسنی یک معایبی دارد و معایب استفاده از این روش مدیریت پیمان این است که کارفرما هیچ اطلاع دقیقی از هزینه تمام شده کار ندارد و نمی تواند به هزینه اعلام شده تقریبی پیمانکار در قرارداد اتکا کند چرا که عوامل بسیار زیادی همچون شرایط اقتصادی کشور و قیمت مصالح و … در آن تاثیر گذار است و کارفرما باید خود را برای هر هزینه اضافه و زیادی اماده کند.